透過與長庚大學和長庚紀念醫院核心設施的密切合作，微生物相研究中心整合了跨學科研究平台和資源，包括微生物分離鑑定與基改平台、長庚實驗動物中心，長庚醫院臨床資源和生物資訊與代謝體學分析核心設施。